Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.

Qui appelle-t-on à la rescousse quand un mystérieux super-vilain recouvre la jungle d’une mousse rose qui explose au contact de l’eau ? Les As de la Jungle ! Moins d’un mois avant la saison des pluies, la course contre la montre est lancée.